食品生物技术专业成立于2003年，2016年开展现代学徒制教学模式探索研究。本专业以服务清远及周边区域各类食品生产加工企业为宗旨，以合作企业清远市玛芝莲食品有限公司的食品生产岗位、食品检验岗位、食品质量控制岗位和食品营销岗位为基础，依据区域行业人才需求标准，为区域内食品及相关企业培养具有社会主义核心价值观、爱岗敬业的工匠精神；具备专业技术岗位职业能力和自主学习能力，适应于食品生产加工、检验与质量控制和食品营销一线岗位需求的高素质技术技能人才。
食品生物技术专业与清远市玛芝莲食品有限公司开展现代学徒制教学模式探索合作，双主体育人。学校导师与企业导师交互训教，共同培养，在校学习期间，学校导师为主体，在企业岗位培养期间，企业导师为主体。第一学年主要由学校导师承担教学任务，在学校以集中讲授、任务训练等形式学习，公共基础课程及专业技术技能课程（专业基础理论）。第二、第三学年在企业，主要由企业导师承担教学任务，以在岗培养、任务训练、在线学习等形式，学习专业技术技能课程（专业技能技术）、学徒岗位课程及专业拓展课程等。